עקרון העבודה של כוס היניקה מזכוכית ואקום מבוסס בעיקר על עקרון הלחץ האטמוספרי וטכנולוגיית הוואקום. כאשר כוס היניקה נמצאת במגע הדוק עם משטח הזכוכית, האוויר בכוס היניקה נשאב באמצעים מסוימים (כגון באמצעות משאבת ואקום), ובכך נוצר מצב ואקום בתוך כוס היניקה. מכיוון שלחץ האוויר בתוך כוס היניקה נמוך מהלחץ האטמוספרי החיצוני, הלחץ האטמוספרי החיצוני יגרום ללחץ פנימה, מה שיגרום לכוס היניקה להיצמד היטב למשטח הזכוכית.

באופן ספציפי, כאשר כוס היניקה באה במגע עם משטח הזכוכית, האוויר בתוך כוס היניקה נשלף החוצה, ויוצר ואקום. מכיוון שאין אוויר בתוך כוס היניקה, אין לחץ אטמוספרי. הלחץ האטמוספרי מחוץ לכוס היניקה גדול מזה שבתוך כוס היניקה, ולכן הלחץ האטמוספרי החיצוני יפיק כוח פנימה על כוס היניקה. כוח זה גורם לכוס היניקה להיצמד בחוזקה למשטח הזכוכית.

בנוסף, כוס היניקה מזכוכית ואקום משתמשת גם בעקרון של מכניקת נוזלים. לפני ספיגה של כוס היניקה בוואקום, הלחץ האטמוספרי בצד הקדמי והאחורי של האובייקט זהה, הן בלחץ נורמלי של 1 בר, והפרש הלחץ האטמוספרי הוא 0. זהו מצב תקין. לאחר ספיגת כוס היניקה בוואקום, הלחץ האטמוספרי על פני כוס יניקת הוואקום של האובייקט משתנה עקב השפעת הפינוי של כוס יניקת הוואקום, למשל, הוא מופחת ל-0.2 בר; בעוד הלחץ האטמוספרי באזור המקביל בצד השני של העצם נשאר ללא שינוי והוא עדיין 1 בר לחץ רגיל. באופן זה, יש הבדל של 0.8 בר בלחץ האטמוספרי בצד הקדמי והאחורי של האובייקט. הבדל זה כפול השטח האפקטיבי המכוסה על ידי כוס היניקה הוא עוצמת השאיבה בוואקום. כוח יניקה זה מאפשר לכוס היניקה להיצמד חזק יותר למשטח הזכוכית, תוך שמירה על אפקט ספיחה יציב גם בזמן תנועה או פעולה.