העיקרון העובד של כוס היניקה לזכוכית ואקום מבוסס בעיקר על עקרון הלחץ האטמוספרי וטכנולוגיית הוואקום. כאשר כוס היניקה נמצאת במגע קרוב עם משטח הזכוכית, האוויר בכוס היניקה מופק באמצעים מסוימים (כמו שימוש במשאבת ואקום), ובכך יוצר מצב ואקום בתוך כוס היניקה. מכיוון שלחץ האוויר בתוך כוס היניקה נמוך מהלחץ האטמוספרי החיצוני, הלחץ האטמוספרי החיצוני ייצר לחץ פנימי, מה שהופך את כוס היניקה לדבוק היטב במשטח הזכוכית.

באופן ספציפי, כאשר כוס היניקה באה במגע עם משטח הזכוכית, האוויר בתוך כוס היניקה נשלף החוצה ויוצר ואקום. מכיוון שאין אוויר בתוך כוס היניקה, אין לחץ אטמוספרי. הלחץ האטמוספרי מחוץ לספל היניקה גדול מזה שבתוך כוס היניקה, כך שהלחץ האטמוספרי החיצוני ייצר כוח פנימי על כוס היניקה. כוח זה גורם לכוס היניקה להיצמד היטב אל פני הזכוכית.

בנוסף, כוס היניקה לזכוכית ואקום משתמשת גם בעקרון מכניקת הנוזלים. לפני ספל ספל היניקה ואקום, הלחץ האטמוספרי בצד הקדמי והאחורי של האובייקט זהה, הן בלחץ רגיל של בר 1, והן הפרש הלחץ האטמוספרי הוא 0. זהו מצב רגיל. לאחר סופג כוס היניקה של הוואקום, הלחץ האטמוספרי על פני השטח של כוס היניקה של האובייקט משתנה בגלל השפעת הפינוי של כוס היניקה ואקום, למשל, הוא מצטמצם ל -0.2 בר; בעוד שהלחץ האטמוספרי באזור המתאים בצד השני של האובייקט נותר ללא שינוי והוא עדיין לחץ רגיל של 1 בר. באופן זה, יש הבדל של 0.8 בר בלחץ האטמוספרי בצד הקדמי והאחורי של האובייקט. הבדל זה כפול האזור היעיל המכוסה על ידי כוס היניקה הוא כוח היניקה ואקום. כוח יניקה זה מאפשר לספל היניקה לדבוק ביתר שאת על פני הזכוכית, ולשמור על אפקט ספיחה יציב גם במהלך התנועה או הפעולה.